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L'origine du musée d'histoire naturelle
En 1862 la chaire d'histoire naturelle fut établie dans l'Université de Ferrare, qui appartenait alors à l'administration communale; dans le même temps fut décidée la création d'un musée spécifique pour les sciences naturelles. Les collections qui constituèrent le premier musée étaient très modestes; il y avait la collection des minéraux, qui avait été donnée à la moitié du dix-huitième siècle par le chanoine Antonio Marescotti au précédent musée municipal, quelques spécimens zoologiques africains qui avaient été envoyés vers 1850 par le médecin Elia Rossi, qui avait sa résidence en Egypte. Les collections étaient gardées par Giuseppe Antonelli, gardien du Musée Municipal depuis 1825. Selon l'inventaire qu' il avait rempli avec diligence, le musée contenait 3.222 spécimens minéralogiques, dont 535 avaient été donnés par Antonelli lui-même, 70 spécimens zoologiques seulement, plus 12 caissettes d'insectes. En 1864, le Conseil communal décida de confier la direction du nouveau musée et la chaire d'histoire naturelle à Galdino Gardini, enseignant au Liceo Regio et dans les écoles techniques de Ferrare : le 26 Mai 1872, le musée d'histoire naturelle de Ferrare fut inauguré solennellement dans les pièces de l'ex-couvent delle Martiri en rue Roversella. Le musée en occupait trois salles. Ses collections s'étaient considérablement accrues et augmentèrent davantage pendant les vingt années suivantes, jusqu'à embrasser tous les aspects principaux des sciences naturelles.Gardini s'occupa si assidûment des rapports parmi les donateurs et les bienfaiteurs (Elia Rossi, Angelo Castelbolognesi, Enea Cavalieri, Angelo Fiorini, Angelo Conti) que, sous sa direction, le patrimoine s'éleva jusqu' à plus de 74,000 spécimens de zoologie, minéralogie, géologie, paléontologie et ethnographie.
Décadence et renaissance
Lorsque Gardini partit en retraite en 1892, le musée fut fermé, officiellement pour dresser le second inventaire général. Entre temps, en 1923 , à la suite de la réforme de Gentile, l'Université municipale devint l'Université d'Etat, alors que le Musée restait sous l'égide de la municipalité. En 1937, les collections partiellement démembrées, furent réunifiées et transférées dans un nouveau siège, son emplacement actuel, en plein centre ville qui faisait partie d'un véritable " barreau de la culture " fortement voulu par l'administration fasciste pour satisfaire son exigence de prestige. Ce fut seulement dans l'immédiat après-guerre, lorsque la direction fut confiée à Mario Francesco Canella, professeur à l'Université de zoologie et anatomie comparée, que le musée retrouva sa vitalité. Né à Venise en 1898, cet autodidacte très déterminé plein de tempérament cultivait des intérêts pluridisciplinaires qui lui avaient permis de franchir brillamment toutes les étapes de la carrière universitaire. Selon ses idées en matière de didactique, l'organisation du musée devait être à la fois

sobre et efficace pour rendre facilement compréhensibles les critères de classification naturelles. Il fit installer de nouvelles vitrines d'exposition et se chargea de récupérer tous les objets noircis par la fumée et abîmés par la patine du temps. Il enrichit le musée avec l'acquisition de nouveaux spécimens dont certains remarquables, comme le calque de plésiosaure et le crâne de tyrannosaure. Il n'oublia pas d'intercaler parmi les objets des photos, des dessins et des diagrammes. Le nouveau musée fut inauguré en 1952 et Mario Francesco Canella présida aux destinées du musée jusqu' en 1978. L'actuelle organisation du musée est restée presque identique. Bien que la restructuration du parcours du musée ait été nécessaire, une section du musée de Canelli a été conservé telle quelle, pour transmettre le modèle d'une identité que il avait fortement voulue.
Les années récentes
Fausto Pesarini, naturaliste et biologiste spécialisé en entomologie, a dirigé le musée jusqu'en 2012. Depuis qu'il a été nommé directeur en 1982, le processus de renouvellement des structures et des fonctions du musée a commencé et est actuellement en cours. En 1987, le musée inaugure sa propre station écologique. Après une première phase de sous-traitance pour une grande partie des travaux, un biologiste dirige depuis 1990 les activités et les rapports de la station. En 1990, le conservateur zoologique des vertébrés a été nommé et en 1996, le conservateur pour la géopaléontologie a été engagé pour le seconder. S'ensuivirent des années de recherches approfondies menant à l'organisation de la section didactique dans le but d'aider les écoles. La gestion directe de la partie didactique s'est avérée trop coûteuse, si bien qu'aujourd'hui ces activités sont dirigées par des prestataires extérieurs spécialisés dans ce secteur. Depuis lors, l'importance du musée a grandi avec le développement d'autres initiatives importantes tant dans la recherche que dans l'édition. L'année 1999 a été particulièrement importante pour le Musée : elle a vu l'inauguration de la nouvelle exposition intitulée « ambiente terra », centrée sur l'évolution et l'interprétation de l'environnement. Il a été conçu et réalisé par l'équipe scientifique du musée selon des critères innovants pour un musée. Par ailleurs, le site Internet officiel a été créé par le personnel interne et entièrement dirigé par le chercheur de la station écologique. Le nouveau magazine intitulé "les Annales" a été officiellement lancé avec des articles sur la zoologie et la géo-paléontologie. Enfin, la même année, débute une série de cours spécialisés sur l'identification taxonomique des invertébrés. Elles s'adressaient aux abonnés universitaires et postuniversitaires. Les activités du musée continuent de se développer afin d'attirer de nouveaux abonnés par le biais d'initiatives qui s'adressent spécifiquement aux adultes. Les efforts de collaboration se multiplient avec d'autres institutions importantes (université, parcs régionaux) dans les domaines de la nature et des sciences dans la région Émilie-Romagne.
Actuellement, le Musée est dirigé par Stefano Mazzotti, qui gère toujours aussi les collections zoologiques de vertébrés.